La sélection humaine menace les poissons d’eau douce les plus « originaux »
Dans nos assiettes, en bassins d’élevage, à la canne à pêche ou en aquarium : les sociétés humaines utilisent aujourd’hui un quart des espèces de poissons d’eau douce de la planète. Mais choisissent-elles ces espèces au hasard ? Une équipe du Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement (CRBE — CNRS / Université de Toulouse / IRD / Toulouse INP) a analysé la forme de près de 9 000 poissons et montre que chaque usage (pêche, aquaculture, aquariophilie et pêche sportive) cible des formes bien particulières. Les poissons utilisés comptent parmi les plus « originaux » et nombre d’entre eux sont menacés d’extinction. Leur disparition amputerait le « spectre des formes » quatre fois plus que ne le prédit le hasard. Ces résultats ont été publiés dans Nature Communications le 19 octobre 2026, et montrent que la conservation de la morphologie des poissons est nécessaire dans un contexte de crise de la biodiversité.
Depuis des millénaires, les humains puisent dans la nature pour se nourrir, se soigner, se divertir ou s’émerveiller. Les poissons d’eau douce, avec plus de 18 000 espèces décrites, n’échappent pas à la règle : les pêcheries continentales fournissent une source essentielle de protéines à plus de 150 millions de personnes, tandis que l’aquaculture, la pêche sportive et l’aquariophilie mobilisent chacune des centaines d’espèces. Mais une question reste en suspens : les espèces que nous utilisons sont-elles interchangeables avec les autres, ou possèdent-elles des caractéristiques écologiques uniques, que nulle autre espèce ne pourrait remplacer si elles venaient à disparaître ?
Pour y répondre, des scientifiques du Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement (CRBE — CNRS / Université de Toulouse / IRD / Toulouse INP), dont Aurèle Toussaint, chargé de recherche CNRS, ont croisé deux grandes bases de données mondiales : FISHMORPH, qui décrit onze traits morphologiques (taille du corps, forme de la bouche, position des yeux et des nageoires…) de 8 970 espèces de poissons d’eau douce, et FishBase, qui recense les usages humains de chaque espèce. Ces traits ne sont pas anecdotiques : la forme d’un poisson renseigne directement sur sa manière de nager, de se nourrir et d’interagir avec son milieu — et, in fine, sur son rôle dans l’écosystème.
Premier constat : les 2 334 espèces utilisées par les humains — soit 26 % des espèces étudiées — couvrent à elles seules près de la moitié (45 %) de l’éventail mondial des formes de poissons d’eau douce. Les usages humains puisent donc dans une palette de « stratégies écologiques » remarquablement large.
Deuxième constat : chaque usage a « son » type de poisson. Les pêcheurs sportifs recherchent de grands prédateurs à large gueule, tels que le black bass ou le brochet. Les pêcheries commerciales, elles, exploitent un spectre bien plus large, des petits poissons fourrageurs des grands lacs africains aux plus grands prédateurs (Photo 1a, b). L’aquaculture quant à elle, privilégie de grandes espèces fouisseuses à la bouche dirigée vers le bas (Photo 1c) alors que l’aquariophilie sélectionne des espèces de petite taille, aux grands yeux (Photo 1d).
Les espèces menacées d’extinction sont les plus originales
Mais le résultat le plus frappant concerne l’« originalité » morphologique des espèces utilisées. En modélisant la probabilité qu’une espèce soit utilisée en fonction de sa distinctivité, c’est-à-dire à quel point sa forme diffère de celle de toutes les autres espèces, les scientifiques montrent que l’aquaculture et la pêche sportive ciblent préférentiellement des espèces aux combinaisons de traits rares, souvent de grande taille.
« Les espèces que nous utilisons le plus ne sont pas des poissons ‘ordinaires’ : ce sont souvent les plus originales du point de vue de leur morphologie, et donc de leur rôle écologique. En ciblant ces espèces, dont beaucoup sont déjà menacées, nous prenons le risque de perdre des fonctions écologiques que rien ne pourra remplacer », résume Pierre Bouchet, doctorant au CRBE et premier auteur de l’étude.
C’est là que le constat est inquiétant : parmi les espèces utilisées, près d’une sur cinq (17 %) est aujourd’hui menacée ou quasi menacée d’extinction selon la Liste rouge de l’UICN1. En simulant la disparition progressive de ces espèces, des plus menacées aux moins menacées, l’équipe montre que le spectre mondial des formes de poissons d’eau douce s’éroderait de 4,7 %. Une perte quatre fois supérieure à celle attendue si les extinctions frappaient au hasard. Cette érosion toucherait en priorité les régions périphériques du spectre morphologique, occupées par des espèces irremplaçables comme les esturgeons ou les grands silures asiatiques.
Vers un changement de paradigme dans la conservation ?
Cependant, les usages humains peuvent aussi protéger, c’est la dualité mise en avant par cette étude. « La carpe commune, menacée dans son aire d’origine, est devenue l’un des poissons les plus répandus au monde grâce à l’aquaculture, ce qui fait même d’elle une espèce invasive dans de nombreuses régions du globe », souligne Sébastien Brosse, professeur à l’université de Toulouse qui est co-auteur de l’étude. De même, au Brésil, la gestion communautaire de la pêche de l’arapaïma, géant des eaux amazoniennes, a permis une augmentation de 193 % de ses populations tout en améliorant les revenus des communautés locales.
Pour les auteurs, ces résultats plaident pour une évolution des politiques de conservation et de gestion de la biodiversité. « Nos politiques de conservation évaluent les espèces à travers leur statut de menace ou leur volume de commerce, mais restent aveugles à ce qu’elles font dans les écosystèmes. Cette étude montre qu’il est désormais possible, grâce à des bases de données sur les traits morphologiques et écologiques de la plupart des poissons du globe, d’identifier les espèces à la fois utilisées, menacées et fonctionnellement irremplaçables. Intégrer cette dimension fonctionnelle dans les politiques internationales de conservation, comme la FAO2 ou la CITES3. Cela pourrait contribuer à protéger non seulement des espèces, mais également les rouages mêmes du fonctionnement des écosystèmes dont dépendent nos sociétés », souligne Aurèle Toussaint, chargé de recherche CNRS au laboratoire, qui a coordonné l’étude.